县审计局设7个内设机构：
   （一）办公室。负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、重要文稿的起草和审核把关等工作；负责机关的财务、后勤工作，管理审计事业经费，对机关财务收支进行审计监督，负责处理审计委员会办公室日常事务，负责局机关的机构编制、干部人事、劳动工资、教育培训和专业技术职称考评等工作。负责计划统计工作，建立有关审计监督对象的数据库，对审计对象的必审性及可行性进行调研和论证；制定、调整、下达中长期和年度审计项目计划，组织检查年度审计项目计划完成情况，对计划执行情况进行定期分析；办理授权审计计划并检查完成情况，对全县审计统计工作并对统计数据进行定期分析研究，开展审计成本管理和审计项目招标工作。负责局机关的党群、党建工作及离退休人员管理服务工作。组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用，组织对县直有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。
   （二）法规审理股。承担相关地方性法规、规章草案的起草工作；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作；指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。审理有关审计业务事项，监督检查审计业务质量，纠正或责成纠正违反国家规定作出的审计决定，负责对违纪违法问题线索的移送协调。
   （三）财政审计股。组织审计县级预算执行情况、决算草案及其他财政收支，乡（镇）人民政府预算执行情况、决算草案及其他财政收支。
   （四）行政事业审计股（加挂经济责任审计股牌子）。组织审计县直相关部门及直属单位、民主党派、社会团体及其下属单位的财政财务收支情况。负责实施乡镇领导干部、县直党政群机关、事业单位领导干部及县属国有企业领导人的任期经济责任审计工作；推进经济责任审计结果运用；承担经济责任审计中与相关部门的沟通协调工作。
   （五）农业农村与资源环境审计股：组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。组织开展县管领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。
   （六）固定资产投资审计股：组织审计政府性投资、以政府性投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的重大公共工程项目；开展政策跟踪审计：组织对县直有关单位落实中央和省委、省政府，市委、市政府、县委、县政府有关重大政策措施情况实施跟踪审计；开展重大项目审计：组织开展对重大项目的审计和重大项目的稽查，对县级政府性建设投资计划安排及实施情况进行审计监督，对贯彻执行国家投资政策和规定的情况进行审计监督。
   （七）金融外资与社会保障审计股。组织审计县属国有企业和金融机构、县属资本占控股或主导地位的金融机构及其直属单位资产、负债和损益，按照审计署、湖南省审计厅、邵阳市审计局的授权，组织审计国际组织和外国政府贷款、援助项目的财务收支情况及相关绩效情况；组织审计县政府相关部门、县政府管理的和其他单位受县政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。